24-25 октября 1994 года в помещении Казанского девичьего монастыря проходило очередное собрание клира и мирян Калужской Епархии и здесь поднимался вопрос об открытии в Калуге Епархиального женского училища, а спустя полтора года, 22 января 1996 года по благословению архиепископа (ныне митрополита) Калужского и Боровского Климента, состоялось его открытие. Знал ли об этом весь город, как в далеком 1879 году? Вряд ли, многие и сейчас не знают об его существовании, но, тем не менее, оно живет, приютившись в старинном дворянском особняке на ул. Дарвина под крылышком Казанского девичьего монастыря.
Примечательно, что первый день нового (а точнее, хорошо забытого старого) духовного учебного заведения начался так же как и в 1879 году с Божественной литургии в храме свт. Гурия Казанского и собеседования ректора училища протоиерея Иоанна Наумчика с воспитанницами.
В образовательные задачи вновь созданного учебного заведения входило не только получение педагогического образования, но также художественного (иконописного) и музыкального (регентского).
В преподавательский состав училища вошли клирики Калужской Епархии, имеющие высшее и неполное высшее духовное образование, а также приглашены преподаватели, имеющие высшее светское образование.
Программа обучения первоначально была рассчитана на 2 года, но с 1998 года решением Учебного комитета училища программа была переведена на 3-х годичную систему обучения. В нее вошли следующие предметы — общеобразовательные: Библейская История Ветхого Завета, Священная История Нового Завета, Церковнославянский язык, История Русской Церкви, Общая Церковная История, Нравственное богословие, Литургика, Сектоведение, Сравнительное и Догматическое богословие, Основное богословие, Катехизис, Церковное пение и специальные предметы по 3-м отделениям (катехизаторское, регентское, иконописное). Так, одних только специальных предметов у регентского отделения было 12, преподаваемых на уровне музыкального училища.
Теперь училище имеет два отделения: Регентское и Иконописное. Названия этих отделений по государственному стандарту — «Хоровое дирижирование» (Регентское) и «Живопись» (Иконописное).
До 2000 года воспитанницы проходили богослужебную практику и молились за богослужениями в храме в честь святителя Гурия Казанского, Казанского девичьего монастыря. С момента открытия Свято-Троицкого кафедрального собора богослужебная практика стала проходить здесь.
Воспитанницы регентского отделения ежедневно поют за богослужениями в Свято-Троицком кафедральном соборе и Свято-Никольском храме г.Калуги.
Обучающиеся на иконописном отделении проходят летнюю практику в иконописных мастерских при Оптиной пустыни, а в качестве дипломных работ пишут иконы (например, для иконостаса храма в честь Рождества Христова в г. Обнинске, для иконостаса храма в честь Рождества Пресвятой Богородицы (Никитского) г. Калуги).
Обучающиеся обоих отделений несут социальное служение в доме престарелых г. Калуги, детских домах, в 3-й и 4-й больницах города, в исправительной колонии для подростков, в санатории для детей-инвалидов им. Павлика Морозова и «Калуга-бор».
С момента образования училища здесь действует библиотека, фонд которой постоянно пополняется, на сегодняшний день он насчитывает более трех тысяч экземпляров. В этом году положено начало созданию компьютерного класса.
В июне 1998 года состоялся 1-й выпуск учащихся, стены училища покинули первые 24 воспитанницы. Некоторые из них решили продолжить свое образование в духовных школах Санкт-Петербурга и Москвы. Так, одна из них, Горячева Татьяна, с отличием закончила регентскую школу при МДАиС, удостоившись высшей награды — золотого камертона.
Ставшая сейчас актуальной реформа духовного образования нашла свое отражение и в жизни Епархиального женского училища. В 2002 году оно с благословения Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II (4/VII — 2002 г.) было преобразовано в Калужское Духовное училище. Это дало возможность получения духовного образования по выше указанным специальностям не только лицам женского, но и мужского пола.
Изначально Училище было трехгодичным. В 2008/2009 учебном году Училище перешло на четырехгодичную форму обучения.
21 ноября 2010 г. скончался первый ректор Калужского духовного училища прот. Иоанн Наумчик, возглавлявший его с момента открытия. В декабре 2010 года решением Священного Синода в должности Ректора КДУ был утвержден проректор КДУ прот. Ростислав Снигирев, а на должность проректора указом управляющего Калужско-Боровской епархией митрополита Климента был назначен преподаватель КДУ Король А.Л.
По истечении 2011/2012 учебного года прот. Ростислав Снигирев покинул пост ректора в связи с переводом в Киевскую митрополию.
В октябре 2012 г. в должности Ректора КДУ решением Священного Синода был утвержден настоятель Свято-Никольского храма г.Калуги прот. Иоанн Паюл.